Principali filoni di ricerca nei 4 siti CONECOFOR: meteorologia, chimica delle deposizioni atmosferiche, cicli biogeochimici (N, S, C), condizione delle chiome, vegetazione, fenologia degli alberi, accrescimenti arborei, struttura forestale, caratteristiche fisicochimiche dei suoli e soluzioni circolanti, contenuto chimico delle foglie, danni da ozono, biodiversità.
